قیمت یک سوپر کامپیوتر بستگی به موارد متعددی دارد از جمله قدرت پردازشی، حجم حافظه، تعداد پردازنده‌ها، فناوری‌های استفاده شده، نرم‌افزارهای مورد استفاده، میزان مصرف انرژی و سایر عوامل فنی و عملیاتی. بنابراین، دقیقاً مبلغ قیمت یک سوپر کامپیوتر قابل تعیین نیست و معمولاً برای دانشگاه‌ها، مراکز تحقیقاتی و سازمان‌های دولتی، این ابزارها به صورت پروژه‌ای یا قراردادی تهیه می‌شوند.

همچنین، هزینه توسعه، تجهیز، نصب، راه‌اندازی، تعمیر و نگهداری یک سوپر کامپیوتر نیز بسیار بالاست. به عنوان مثال، هزینه‌های پیش‌بینی شده برای توسعه و نصب سوپر کامپیوتر Fugaku در ژاپن حدود ۱ تریلیون ین یا حدود ۹.۴ میلیارد دلار آمریکا است.

در کل، هزینه یک سوپر کامپیوتر به عنوان یک سرمایه‌گذاری قابل توجه در مقیاس بسیار بزرگ، بسته به نیازهای مشخص و موارد فنی متعدد، می‌تواند از چند میلیون دلار تا چند صد میلیون دلار و حتی بیشتر برسد.