نرم‌افزار GROMACS یک نرم‌افزار متن‌باز برای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی می‌باشد که به صورت اصلی برای مطالعه سیستم‌های بیولوژیکی مانند پروتئین‌ها، اسیدهای نوکلئیکی، و لیپیدها استفاده می‌شود. این نرم‌افزار از الگوریتم‌های مختلفی برای شبیه‌سازی سیستم‌های مولکولی استفاده می‌کند و برای تحلیل تعاملات بین اتم‌ها و رفتار آن‌ها در زمان استفاده می‌شود.
ویژگی‌های اصلی GROMACS شامل:
مدل‌سازی سیستم‌های بیولوژیکی: GROMACS برای مدل‌سازی سیستم‌های بیولوژیکی مانند پروتئین‌ها، اسیدهای نوکلئیکی، و لیپیدها قابل استفاده است.
محاسبات دینامیک مولکولی: این نرم‌افزار برای انجام محاسبات دینامیک مولکولی به منظور شبیه‌سازی رفتار سیستم‌های مولکولی در زمان استفاده می‌شود.
محاسبات انرژی: GROMACS قابلیت محاسبه انرژی‌های مختلف مانند انرژی پتانسیل و انرژی جذب را برای سیستم‌های مولکولی فراهم می‌کند.
پیش‌پردازش و تحلیل داده‌ها: این نرم‌افزار دارای ابزارهای مختلفی برای پیش‌پردازش داده‌ها و تحلیل نتایج شبیه‌سازی‌ها می‌باشد.
پشتیبانی از GPU: GROMACS از پردازنده‌های گرافیکی (GPU) نیز پشتیبانی می‌کند که به افزایش سرعت شبیه‌سازی‌ها کمک می‌کند.
GROMACS به عنوان یکی از نرم‌افزارهای محبوب و معتبر در زمینه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی مورد استفاده قرار می‌گیرد و توسط محققان و دانشجویان در زمینه‌های مختلفی از جمله بیولوژی، شیمی، فیزیک و داروسازی به کار گرفته می‌شود.
در خواست ابر رایانه شبیه سازان امیرکبیر